Коллекция «Ботаника» состоит из 72 гербарных листов и 33 образцов спилов деревьев.
В музейном гербарии собраны сосудистые растения горно-лесной зоны Южного Урала. Источник поступления гербарного материала - полевые сборы сотрудника Естественно-научного музея Ильменского государственного заповедника - Коробейниковой Валентины Павловны. Гербарий был собран в июне-августе 1977 года. Весь гербарный материал хорошо этикетирован и определен.

Все растения были собраны в окрестностях г. Миасса. Их местообитание разнообразно: луг (влажный, остепненный, лесной), опушка березняка, сосняка; березовый, сосновыйлес; лесная поляна; склон (каменистый, горный); берег озера; торфяник, болото, овраг, обочина дороги. Растения музейного гербария представляют 21 семейство, 61 род, 73 вида. Класс Однодольные составляют 2 экземпляра семейства Орхидные. Класс Двудольные представляют 69 экземпляров. По видовому разнообразию и количеству единиц хранения наиболее хорошо представлены следующие семейства: Лютиковые, Астровые, Бобовые. В коллекции «Ботаника» имеются экземпляры редких растений. Занесены в Красную книгу Челябинской области растения: ветреница лесная, прострел желтеющий, ветреница пермская, первоцвет настоящий, гвоздика иглолистная, чина Гмелина. В Красной книге России находятся: купальница европейская, проломник северный, колокольчик сибирский, гирча тминолистная, башмачок настоящий. Эти растения нуждаются в нашей охране.

В музейном деле гербарий всегда будет незаменим. Это реальный предмет, это натура, это артефакт. А всё, что настоящее, всё, что было реально собрано, всё, к чему может прикоснуться рука — люди очень любят, им интересно это рассматривать.
Всего в коллекции «Ботаника» 33 образца спилов деревьев. Образцы представлены семействами: Пальмовые, Платановые, Буковые, Березовые, Бобовые, Миртовые, Кипарисовые, Ивовые, Сосновые, Пасленовые, Яснотковые.

Коллекция «Ботаника» позволяет создать научную базу, в результате чего музей становится центром изучения флоры и растительности региона.